提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
国台办:大陆方面一直希望增加航点 已向台湾方面提出******
中新网1月11日电 国台办发言人马晓光11日表示,大陆现在疫情防控平稳有序转段,两岸完全有更好的条件尽快开通更多航点,满足两岸人员往来需要。大陆方面一直希望增加航点,并已向台湾方面提出。
11日,国台办举行例行新闻发布会。有记者提问:中断三年的“小三通”1月7日部分复航,岛内民众呼吁民进党当局彻底取消限制全面恢复,对此有何评论?大陆优化调整疫情防控政策后,又临近春节,请问除“小三通”外,大陆方面为台胞返乡过年还会提供哪些协助?
对此,马晓光表示,1月7日,暂停了近三年的两岸“小三通”海上客运航线部分复航。但与广大台胞期盼还有很大差距。不仅广大台商、台生、台干被排除在外,大陆民众也由于民进党当局限制,无法循此渠道赴台。远远不能满足两岸同胞的期待。
马晓光指出,1月8日起,大陆对新型冠状病毒感染实施“乙类乙管”。时值春节临近,为便利台湾同胞返乡过年,大陆有关方面积极支持两岸航空业者大幅增加两岸航线航班。相关航空公司会陆续增加运力,调整两岸运输安排,两岸航班会明显增加。以大家关注的上海浦东机场为例,预计1月8日至31日期间,往返台湾地区的双向载客航班将达日均8班。除增加航班外,扩大航点也是为台湾同胞返乡过年提供便利和保障的必要之举。大陆原有61个两岸空中客运航点,疫情以来,民进党当局单方面关闭了大多数,目前仅有4个大陆航点。我们期盼通过扩大航点增加运力,为台湾同胞返乡过年提供保障。
马晓光说,我们敦促民进党当局顺应民意,撤除三年来设置的种种不合理障碍,推动“小三通”全面复航早日实现,尽快恢复两岸原有客运航点,恢复两岸人员往来正常化和两岸民众交流常态化。
还有记者还问发言人:陆委会副主委邱垂正称,大陆基于防疫管控的原因,现在既有的4个航点目前只核准飞航29个班次。未来大陆方面如果扩增航点,航空公司就能够增加运能。请予证实。另外除春节外两岸航班平日也存在客源不足问题,请问大陆何时会开放大陆游客赴台旅游?
马晓光回应表示,首先,刚才我已经讲过,我们除增加航班之外,也呼吁应尽快恢复航点。大陆现在疫情防控平稳有序转段,两岸完全有更好的条件尽快开通更多航点,满足两岸人员往来需要。据我了解,大陆方面一直希望增加航点,并已向台湾方面提出。
其次,运力和客源是互为因果关系的问题。过去受疫情影响,两岸同胞不能正常往来,客流量肯定会下降,航空公司自然会减少航班。现在我们希望这个问题能变成良性循环,增加航班是一方面,尽快开放两岸人员正常交流往来是更重要的方面。随着两岸同胞往来恢复正常,更趋频密和方便,两岸航点、运力和客源也会随之增多。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)